ニキビの主な原因は思春期における男性ホルモンの活発化による皮脂の過剰分泌や、毛包周辺の角層の厚みが増すことで毛穴が詰まりやすくなることにあります。このため思春期に多く発生しますが、複数の要因が絡むことで成人以降も続く場合があります。
過剰な皮脂分泌や毛穴に住むアクネ菌の増殖、古い角質（角栓）による毛穴の詰まり、ホルモンバランスの乱れが主な原因です。特にストレス、寝不足、体質・遺伝、化粧品や紫外線の影響も重なり、顔だけでなく胸や背中など皮脂腺の多い部位にもできやすくなります。女性では月経周期に伴うホルモン変化が影響しやすいことも特徴です。